2010年9月27日,南京玄奘寺与“菩萨在线”在南京玄奘寺签署了共同网络弘法的合作协议。这是在继昆山佛教协会下属11个寺院和菩萨在线共同网络弘法之后又一家和 “菩萨在线”合作的江南名寺。玄奘寺住持传真法师还在百忙之中抽出宝贵时间亲笔题字《菩萨在线》为菩萨在线护法加持。并表示将会通过不同的方式给予“菩萨在线”网上弘法大力的支持,以推动这一善利的大好事。
截止目前,和“菩萨在线”签署合作协议共同网络弘法的寺院已经达到21家。分别是这21家寺院的高僧大德都通过题字、赠言的方式给予“菩萨在线”肯定和赞誉,并寄予厚望,希望"菩萨在线"能为弘扬佛法,弘扬传统文化做出贡献。并说:“此乃功德无量、造化万民”之举!
南京玄奘寺位于南京城区九华山,北临玄武湖,东接太平门,西邻台城。九华山又名覆舟山,山形狭长,顶呈平行,《寰宇记》记载:周围三里,高三十丈,东接青溪,北临真武湖,状如覆舟,因以为名。后因山南山麓建有小九华寺,遂亦名小九华山,简称九华山。
隋唐宋元以降,覆舟山风光不再,昔时的胜景,成了人们谈论、追忆的话题。
民国时期,九华山再次成为人们关注的焦点。1942年初冬,日本侵略者在雨花台大报恩寺三藏塔遗址挖到一石函,记载了唐代高僧玄奘顶骨舍利来南京安葬的经过。日军想占为已有,在南京人民的抗议下,日军将玄奘部分舍利归还给南京人民,1943年底,汪伪政府在九华山上建了一座砖塔,供奉玄奘的顶骨舍利,得名三藏塔。 到了1949年前,九华山已是一片凋零,“楼台荒废难留客,林木飘零不禁樵”。全国解放后,南京市人民政府,为了保护风景园林,名胜古迹,在九华山上广植树木,1956年辟为九华山公园。1964年园林部门拨款重建倒塌成废墟的小九华寺,“文革”又遭破坏。1978年在原有旧址上建造了九华山茶社,并新建了九华山庄。1981年后,又相继恢复了甘露亭、阆风亭等景点和建筑。
2003年,南京市玄武区政府及区建设局在小九华山重修寺庙,命名为玄奘寺,由栖霞古寺监院传真法师住持管理,南京市佛教协会会长真慈大和尚为方丈。